El bachillerato forma parte de la educación secundaria postobligatoria y, por lo tanto, tiene carácter voluntario. Consta de dos cursos académicos que se realizan ordinariamente entre los 16 y 18 años de edad. Se desarrolla en modalidades diferentes: en nuestro centro se imparten las modalidades de Ciencias y Tecnología, y Humanidades y Ciencias Sociales, con la organización de materias recogida en la LOMLOE.

El IES Pérez de Ayala imparte, dentro de la autonomía de Centro en la etapa de Bachillerato, las siguentes materias propias: