El edificio del colegio se empieza a construir en 1964, para albergar la filial femenina de Enseñanza Media y, provisionalmente, la masculina. Ambas dependientes del Instituto Doña Jimena y Jovellanos respectivamente.

Se mantiene como Instituto de Enseñanzas Medias de La Calzada hasta el curso 1980/81 en el que se traslada a la actual ubicación en La Algodonera, hoy calle María Zambrano. Es en este momento cuando nace el COLEGIO FEDERICO GARCÍA LORCA como centro de EGB, con el fin de atender las necesidades educativas del barrio, ya que, por entonces, muchos escolares recibían sus clases en barracones anexos a la Iglesia de Fátima.

A lo largo de su historia como colegio, en estas aulas se han impartido clases de EGB, Preescolar, 1º y 2º de ESO (cuando el instituto no tenía capacidad para albergar a todo su alumnado) y, actualmente, es un centro de Educación Infantil (2º ciclo) y Primaria.